Le musée se compose d'un portique sur la façade et de trois salles qui ouvrent sur une cour intérieure occupée par un jardin et bordée de portique. La salle droite est consacrée au passé punique de Lepti Minus. Elle puise ses informations et ses collections des nécropoles puniques qui ceinturaient le site. Parmis les objets exposés, il y a un sarcophage en bois du III ème siècle avant J.-C., des poteries modelées, de la céramique ordinaire et à vernis noir.